灭菌器一般分为三大类：湿热消毒灭菌设备，干热消毒灭菌设备，化学消毒灭菌设备。
基础设施
高压蒸汽灭菌器
蒸气湿度高，渗透力强，能在一定压力下快速有效地杀灭微生物，是仪器灭菌的主要方法之一。它的特点是可靠，经济，快速，杀菌效果好。以下是基本结构：
加压容器：包括灭菌室，夹套，门和其它固定连接灭菌室的部件。材质为不锈钢，有隔热材料层。
消毒室：放置待消毒器的空间夹套：焊接于消毒室外部表面的不锈钢结构，实现机械加固、消毒室温度控制功能。
管道系统
蒸气入管：直接与蒸气气源连接，将蒸气送入消毒间或套管。
疏汽管：排出蒸气中的冷凝水。消毒室排气管：连接消毒室和排气管，是消毒室内气体和冷凝水排出的外部通道。
给水管：为消毒器提供工作水源。
回气管道：连接消毒室和大气，当消毒室干燥时形成真空，通过回气管道使消毒室与外界空气压力平衡。
自动化门和消毒室密封装置
用压缩空气或蒸汽封住自动门和杀菌室。
干燥灭菌器
干燥消毒器是一种用双层铁板制成的方形金属盒，外壁内层装有保温石棉板。大炉膛位于箱底下方，或安装在箱壁内的电热线圈。为了使空气流通，内壁上有好几个孔。箱体前面有铁门和玻璃门，箱内有金属箱板架数层。电加热炉的前面下面有一个温度调节装置，可以保持所需要的温度。
运行方式
热力灭菌器
热杀菌是利用高温使菌体蛋白凝固或变性，酶失去活性，代谢紊乱，导致细菌死亡。热消毒分为湿热消毒和干热消毒。湿热法可以使菌体蛋白凝固、变形，而干热法则可以使菌体蛋白氧化变性碳化，使电解质浓缩，导致细胞死亡。热杀菌方便，效果好，是医院消毒供应中心常用的主要消毒方法。高压蒸汽杀菌是抗湿、抗热医疗器械杀菌的方法。
高压蒸汽灭菌采用湿热法，在相同温度下，湿热法杀菌效果优于干热法，原因如下：
蛋白凝固所需的温度与其含水率有关，含水率越高，发生蛋白凝固的温度越低。湿热式杀菌的菌体蛋白质可以吸收水分，因此比相同温度下的干热空气更容易凝固。
蒸汽在湿热式杀菌过程中释放大量潜热，温度进一步升高。相同温度下，湿热杀菌比干热杀菌需要的时间短。
湿热气的穿透能力比干热气强，所以湿热气的收效要好于干热气。蒸气能杀死所有微生物，甚至包括耐热的细菌芽孢、真菌孢子等。随着蒸汽压力的增加，灭菌蒸汽温度升高，通过提高蒸汽压力可以大大缩短灭菌时间。所以这是有效、应用广泛的消毒方法之一。
低温灭菌器
采用化学消毒剂对病原微生物进行低温消毒。在杀菌过程中，化学药剂所需的温度较低，通常称为低温杀菌法或化学杀菌法。采用低温杀菌的化学消毒剂，能杀灭所有微生物，并达到灭菌保证水平，这类杀菌剂有甲醛、戊二醛等。用于不能耐高温、湿热材料类器械的化学灭菌。
常见的低温灭菌方法有双氧水等离子法、甲醛蒸汽法等。
双氧水等离子体低温消毒
当物品被过氧化物液体扩散到气体状态后，它就会被灭菌，第二阶段是通过产生的等离子体进行灭菌。等离子化过程也能加速并彻底分解过氧化氢在仪器和包装材料上的残余。等离子体杀菌法的特点是快速作用，杀菌可靠，作用温度低，干净，用于内镜，不耐高温装置，各种金属装置，玻璃等物品;吸湿吸气。
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